由于其固有的可萃取物含量低，尼龍膜針式過濾器通常用于過濾要進行HPLC分析的樣品。
尼龍膜針式過濾器可能并不適用于所有樣品，并且是接近中性pH水溶液和相容的非水溶劑的理想選擇。對于由酸和堿組成的樣品，可以考慮使用親水性PTFE膜針頭過濾器和PES膜針頭過濾器。
對于由與尼龍不兼容的非水溶劑組成的樣品，可以考慮使用PTFE膜針式過濾器和聚丙烯膜注射器過濾器。
對于含有蛋白質或感興趣的類似大有機分子的水性樣品，注射器過濾器應含有固有蛋白質結合特性低的膜，例如醋酸纖維素（CA），